Non si può trattare del Santuario dell’Arcella senza considerare l’opera svolta dai Religiosi Francescani. La prima costruzione del Santuario avviata con la realizzazione della base del Campanile iniziata nel 1803 venne successivamente interrotta nel 1903 per mancanza di fondi.
Padre Antonio Cattomio, che nel 1905 assunse la guida della Comunità, pur certamente interessato a proseguire la costruzione del Santuario, antepose i bisogni delle famiglie che, insediatesi nel “suburbio dell’Arcella” in quel tempo,vivevano in condizioni di miseria. Si manifestava urgentemente la necessità di costruire strutture idonee ad accogliere e formare i ragazzi la cui presenza aumentava sempre di più.
Tale operare sui vari fronti:

sociale, religioso, culturale fu continuato da Padre Ludovico Bressan creando tra la gente dell’Arcella un ricordo indelebile dell’opera dei Frati.
Persino il secondo conflitto mondiale che coinvolse l’Arcella con pesanti bombardamenti a causa della vicinanza con la stazione ferroviaria di Padova, snodo strategico nella zona controllata dalle truppe tedesche, vide il moltiplicarsi degli sforzi dei Frati di Sant’ Antonio a favore delle popolazioni colpite. Ai Religiosi Francescani, oltre al merito di una grande opera umanitaria va riconosciuta la capacità di aver realizzato opere di livello artistico, tra le quali appunto il completamento del complesso santuariale realizzato anche grazie ai finanziamenti devoluti dai devoti di Sant’Antonio.
L’attuale santuario si presenta nelle sue armoniose linee architettoniche rispondenti ad una rivisitazione neogotica di chiara ispirazione italiana e francescana. L’esterno è tutto in cotto a vista, ravvivato da sobrie decorazioni in pietra naturale. La cupola s’innalza a quaranta metri con l’armoniosa curva della calotta in lastre di rame. L’interno riprende l’uso del cotto che forma l’elemento principale delle eleganti nervature architettoniche animate dalla bicromia bianco-rosa, colori della città di Padova. Nella chiesa di S.Antonino si conserva la cella di S. Antonio dove c’è la statua di Sant’Antonio morente scolpita da R. Rinaldi nel 1808.Nella chiesa sono custodite anche le spoglie della beata Elena Enselmini, una giovane monaca clarissa padovana, vissuta all’Arcella al tempo di Sant’Antonio e morta in concetto di santità.